Если пришла необходимость того, чтобы соотнести физические файлы на носителе с базой данных надо ее пересканировать. Для этого назо зайти в директорию NextCloud и запустить следующую команду (понятно, от имени www-data)
sudo -u www-data php occ files:scan --all
--all - это всех пользователей. Можно указать конткрентого.
Кстати посмотреть список пользователей
sudo -u www-data php occ user:list